João Paulo II sofreu um atentado na tarde de 13 de maio de 1981. No meio da Praça de São Pedro, no Vaticano, o turco Mohemed Ali Agca disparou três vezes contra o Papa. As balas o atingiram no abdômen e no braço, e uma multidão de pessoas presenciou o incidente. O terrorista foi condenado a prisão perpétua, porém, 2 anos depois do atentado, João Paulo II foi visitá-lo na cadeia e perdoou-o. Agca recebeu anistia no ano de 2000 e foi extraditado para a Turquia onde cumpre pena pelo assassinato de um jornalista, em 1978.
Em 13 de maio de 2000, a Igreja surpreendeu o mundo revelando o terceiro segredo de Fátima, que em 1917 teria aparecido para três crianças em Portugal. Segundo análise do vaticano, o terceiro segredo estaria ligado ao atentado contra o Papa. Curiosamente, os tiros contra o Papa foram disparados também no dia 13 de maio (1981). Conforme divulgou o secretário de Estado do Vaticano, o terceiro mistério anunciado pela Virgem aos pastores era a imagem de um bispo vestido de branco que caminhava entre os corpos de mártires caídos ao chão, aparentemente mortos, sob uma chuva de disparos. A Praça de São Pedro é rodeada de imagens de santos e mártires. A revelação do mistério encerrou décadas de suposições, muitas delas relacionando o segredo a profecias apocalípticas como o fim do mundo.